As fosfatases alcalinas estão presentes nas membranas celulares dos seguintes tecidos: ossos, fígado, intestino, placenta, rins e leucócitos. As izoenzimas hepáticas e ósseas representam 90% da fosfatase alcalina circulante. Em crianças a fração óssea predomina. A fosfatase alcalina total encontra-se elevada na colestase, hepatites virais (mais discretamente), doença de paget, tumores ósseos, hiperparatireoidismoo, osteomalacia e raquitismo. Medicamentos como anticoncepcionais orais, hipolipemiantes, anticoagulantes e antiepiléticos podem reduzir os níveis da fosfatase alcalina total.
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